陰離子交換柱的清洗方式通用有三種，分別用于清洗酸溶性、堿溶性或有機污染物，在清洗過程中必須要確保嚴格按照清洗過程進行，否則會引起色譜柱的局部高壓而損壞色譜柱。對于有機溶劑清洗色譜柱，需要逐步減少有機溶劑的量以避免由于混合的流動相黏度的變化。
（一）選擇合適的清洗溶劑
1、對高價親水污染物：用1~3mol/l的鹽酸做淋洗液；
2、對低價親水污染物：用10倍的淋洗液；
3、有機污染物：有機污染物會引起色譜柱效降低，可以采用兼容的有機溶劑清洗，有時也可以采用高濃度的鹽酸與有機溶劑混合清洗則更有效；
4、對金屬污染物：會引起色譜峰不對稱性，可采用絡(luò)合劑酸類，如0.2mol/l草酸；
（二）清洗過程
1、配制500mL合適的清洗溶液；
2、斷開抑制器中，分別清洗保護住和分離柱，如果分離柱和保護住串聯(lián)清洗，則將保護柱接在分離柱之后；
3、設(shè)置流速對2mm色譜柱采用0.5ml/min，而對4mm色譜柱采用2ml/min
4、用二次去離子水沖洗色譜柱15min；
5、用清洗液清洗色譜柱60min；
6、用二次去離子水沖洗色譜柱15min；
7、連接抑制器，用淋洗液平衡色譜柱。
如此便完成一整套陰離子交換柱的清洗流程。
值得注明的是：陰離子交換柱的操作壓力是不能超過色譜柱說明書中規(guī)定的大壓力的，否則會造成色譜不可逆損失。陰離子交換柱的啟動采用標準淋洗液（一般指等淋洗條件）使淋洗達到平衡后，進行色譜標準陰離子的測試分離度和重視性。
爐子子色譜柱的儲放一般情況下，可以采用標準淋洗液作為儲備液，長期儲備需要將色譜柱兩端密封。但對于非抑制型離子色譜柱或早期的抑制型離子色譜柱，由于所有淋洗液比較接近中性，用淋洗液儲放易于長霉，因此需要用高PH值的溶液作儲備液，或者的淋洗液中加入防霉劑作儲備液。
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